Bakteerien tunnistaminen GEN III:lla ja vertailu referenssimenetelmiin
Häkkinen, Hanna (2014)
Häkkinen, Hanna
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2014
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201405208828
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201405208828
Tiivistelmä
Mikro-organismien identifiointi on tärkeä osa monien laboratorioiden päivittäistä työskentelyä. Erityisen tärkeää on elintarvikealalla selvittää laadunvalvonnan puolella esimerkiksi ruokamyrkytystapauksissa taudinaiheuttaja, jotta voidaan sairastuneille saada mahdollisimman pian heidän tarvitsemaansa hoitoa. Identifiointiin on olemassa erilaisia menetelmiä ja tapoja, jotka perustuvat usein erilaisiin aineenvaihduntareaktioihin. Jyväskylän Ympäristötoimen laboratoriossa käytössä olivat työn tekemisen aikana kolme erilaista API-sarjan testiä, jotka olivat jo vuosien käytön jälkeen todettu luotettaviksi. Työn tarkoituksena oli selvittää, voisiko GEN III manuaalinen identifiointijärjestelmä korvata käytössä olevat kolme erilaista API-menetelmää. Tämän lisäksi haluttiin myös selvittää, pystyykö nopeasti tulokset antavavalla RapIDStaph-testillä saamaan luotettavia tuloksia. Tarkoituksena oli selvittää miten GEN III toimii päivittäisessä laboratoriotoiminnassa, minkälaisia tuloksia sillä saa verrattuna referenssimenetelminä toimiviin API-testeihin ja kuinka eri laboranttien toiminta vaikuttaa saatuihin tuloksiin uudella menetelmällä.
Näytteiksi valittiin ATTC-kantoja, joiden laji oli etukäteen tiedossa, jotta voitiin selvittää GEN III:n luotettavuus lajitunnistuksessa. Tämän jälkeen lähdettiin selvittämään tuntemattomilla näytteillä tunnistusta API-testeillä sekä rinnakkain GEN III:lla sekä osittain RapIDStaph- testeillä. GEN III:n tulosten tulkintaa testattiin kolmen eri laborantin kesken, sillä tulokset ovat aistinvaraisesti tunnistettavia värireaktoita, joiden tulkinta ei aina ole kovin yksiselitteistä.
GEN III osoittautui tulosten perusteella toimivaksi identifiointijärjestelmäksi verrattuna API-testeihin, RapIDStaph testit eivät vertailussa pärjänneet, sillä bakteeriliuos jäi näytteiden osalta liian laimeaksi, ja näin ollen tulokset eivät olleet vertailukelpoisia suurimmalta osin. GEN III tulokset olivat lupaavia, kun vertailtiin kolmen eri laborantin tulkintaa kuoppalevyjen värireaktioista, joskin automaattisella identifiointiointijärjestelmällä tuloksista saisi vielä luotettavammat, sillä aistinvaraiseen tulkintaan liittyy aina omat hankaluutensa.
Näytteiksi valittiin ATTC-kantoja, joiden laji oli etukäteen tiedossa, jotta voitiin selvittää GEN III:n luotettavuus lajitunnistuksessa. Tämän jälkeen lähdettiin selvittämään tuntemattomilla näytteillä tunnistusta API-testeillä sekä rinnakkain GEN III:lla sekä osittain RapIDStaph- testeillä. GEN III:n tulosten tulkintaa testattiin kolmen eri laborantin kesken, sillä tulokset ovat aistinvaraisesti tunnistettavia värireaktoita, joiden tulkinta ei aina ole kovin yksiselitteistä.
GEN III osoittautui tulosten perusteella toimivaksi identifiointijärjestelmäksi verrattuna API-testeihin, RapIDStaph testit eivät vertailussa pärjänneet, sillä bakteeriliuos jäi näytteiden osalta liian laimeaksi, ja näin ollen tulokset eivät olleet vertailukelpoisia suurimmalta osin. GEN III tulokset olivat lupaavia, kun vertailtiin kolmen eri laborantin tulkintaa kuoppalevyjen värireaktioista, joskin automaattisella identifiointiointijärjestelmällä tuloksista saisi vielä luotettavammat, sillä aistinvaraiseen tulkintaan liittyy aina omat hankaluutensa.