DNA:n manuaalisen ja automaatiota hyödyntävien differentiaalieristysmenetelmien vertailu seksuaalirikosnäytteiden käsittelyssä
Aahos, Katja (2012)
Aahos, Katja
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2012
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2012121719744
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2012121719744
Tiivistelmä
Keskusrikospoliisin Rikosteknisessä laboratoriossa tutkitaan paljon erilaisia rikosnäytteitä. Seksuaalirikosnäytteet sisältävät usein sekä naisen epiteelisoluja että miehen siittiöitä. Tällaisien näytteiden DNA:n differentiaalieristyksessä pyritään saamaan eroteltua nais- ja miesperäinen DNA omiin, erillisiin fraktioihin. Laboratoriossa käytössä olevaa manuaalista menetelmää haluttiin kehittää, koska se on työläs ja vaikea saada onnistumaan täydellisesti.
Manuaalisen DNA:n Chelex-differentiaalieristysmenetelmän tuloksia haluttiin vertailla automatisoivilla laitteilla saavutettuihin tuloksiin. Pumpulipuikkoihin valmistetut näytteet suunniteltiin vertailun kannalta sopiviksi, ja erilaisia menetelmiä vertailtiin yhdistelemällä Chelex-suspension sekä Qiagenin EZ1 Advanced XL - ja QIAcube®-laitteiden käyttöä.
Tulosten perusteella nykyisin käytössä oleva Chelex-menetelmä osoittautui tehokkaaksi ja luotettavaksi menetelmäksi. QIAcuben® käyttö eristyksen siittiösakan pesuvaiheessa paransi hieman tuloksia, ja automaation ansiosta se vapauttaa työntekijän muihin työtehtäviin. Ongelmiksi osoittautuivat pesuvaiheeseen kuluva aika sekä laitteen pieni kapasiteetti samanaikaisesti käsiteltävien näytteiden suhteen. EZ1 Advanced XL -laitteella näytteiden epiteelifraktioiden DNA:n eristys onnistui moninkerroin paremmin kuin Chelex-menetelmällä, mutta siittiöfraktion DNA:ta ei saatu eristettyä juuri lainkaan. Siksi EZ1 Advanced -laitteiden voitiin todeta olevan riittämättömiä tähän tarkoitukseen.
Chelex-suspensiolla ja QIAcubella® suoritettavaa menetelmää voidaan kehittää parantamalla aikaa vievää, kontaminaatioriskiä nostavaa ja työn suorittajasta voimakkaasti riippuvaa työvaihetta, jossa irrotetaan soluja näytemateriaalista. Siten voidaan saavuttaa entistä parempia ja puhtaampia tuloksia.
Manuaalisen DNA:n Chelex-differentiaalieristysmenetelmän tuloksia haluttiin vertailla automatisoivilla laitteilla saavutettuihin tuloksiin. Pumpulipuikkoihin valmistetut näytteet suunniteltiin vertailun kannalta sopiviksi, ja erilaisia menetelmiä vertailtiin yhdistelemällä Chelex-suspension sekä Qiagenin EZ1 Advanced XL - ja QIAcube®-laitteiden käyttöä.
Tulosten perusteella nykyisin käytössä oleva Chelex-menetelmä osoittautui tehokkaaksi ja luotettavaksi menetelmäksi. QIAcuben® käyttö eristyksen siittiösakan pesuvaiheessa paransi hieman tuloksia, ja automaation ansiosta se vapauttaa työntekijän muihin työtehtäviin. Ongelmiksi osoittautuivat pesuvaiheeseen kuluva aika sekä laitteen pieni kapasiteetti samanaikaisesti käsiteltävien näytteiden suhteen. EZ1 Advanced XL -laitteella näytteiden epiteelifraktioiden DNA:n eristys onnistui moninkerroin paremmin kuin Chelex-menetelmällä, mutta siittiöfraktion DNA:ta ei saatu eristettyä juuri lainkaan. Siksi EZ1 Advanced -laitteiden voitiin todeta olevan riittämättömiä tähän tarkoitukseen.
Chelex-suspensiolla ja QIAcubella® suoritettavaa menetelmää voidaan kehittää parantamalla aikaa vievää, kontaminaatioriskiä nostavaa ja työn suorittajasta voimakkaasti riippuvaa työvaihetta, jossa irrotetaan soluja näytemateriaalista. Siten voidaan saavuttaa entistä parempia ja puhtaampia tuloksia.