QIAsymphony-eristysautomaatin soveltuvuus eri kudosmateriaalien DNA-eristykseen
Ali-Penttilä, Jenni; Pokkinen, Piia (2021)
Ali-Penttilä, Jenni
Pokkinen, Piia
2021
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-202105199513
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-202105199513
Tiivistelmä
Tämän opinnäytetyön tavoitteena oli suorittaa QIAsymphony-eristysautomaatilla validointityö, josta on hyötyä Tyks Lääketieteellisen genetiikan laboratoriolle. QIAsymphony-automaatti perustuu magneettipartikkeliteknologiaan, jossa DNA sidotaan päällystettyihin magneettipartikkeleihin. Toimeksianto saatiin Tyks Lääketieteellisen genetiikan osastolta. Validointityössä käytetyistä DNA:n lähtömateriaaleista on hyötyä tilanteessa, jossa verinäyte ei edusta potilaan omaa genomia, kuten allogeenisen kantasolusiirron saaneilla potilailla tai jos verinäytettä ei saada. Automatisoidun DNA-eristyksen etuja laboratoriolle ovat sen nopeus ja helppous, vaarallisten kemikaalien käsittelyn ja käytön väheneminen, mikä edistää työturvallisuutta sekä alkoholisaostusvaiheen poisjääminen, joka voi aiheuttaa DNA:n katkeilua.
Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli selvittää, miten erityyppiset kudosnäytteet ovat sovellettavissa DNA:n lähtömateriaalina, kun käytetään QIAsymphony-eristysautomaattia. Validointiprosessiin kerättiin yhteensä 100 kpl sylki-, posken limakalvon epiteelisolu-, hius-, ja kynsinäytteitä vapaaehtoisilta luovuttajilta. Ennen eristystä kirjoitettiin työohjeet, jotka jäivät laboratorion käyttöön. DNA-eristys suoritettiin käyttämällä kudosmateriaalille sopivaa protokollaa, lisäksi testattiin kahta eri protokollaa sylki- ja posken limakalvonäytteille ja arvioitiin, kumpi niistä on käyttökelpoisempi. DNA-eristyksen jälkeen mitattiin DNA:n konsentraatio ja puhtaus QIAxpert-spektrofotometrilla.
Tutkimuksessa arvioitiin DNA:n määrän ja laadun riittävyyttä laboratorioprosessin vaatimuksiin ja validointiraportissa todettiin QIAsymphony-automaatille käyttökelpoisiksi DNA:n lähtömateriaaleiksi sylki- ja poskenlimakalvon epiteelisolunäytteet sekä kynsinäytteet. Virtsanäytteiden todettiin soveltuvan lähtömateriaaliksi mitokondrio-DNA:n tutkimuksissa, joihin tarvitaan pieni määrä nukleiinihappoja. Tuloksista kirjoitettiin validointiraportti Lääketieteellisen genetiikan laboratoriolle. The aim of this thesis was to perform a validation using a QIAsymphony extraction unit, the study is useful to the laboratory of Tyks Medical Genetics. QIAsymhony is based on magnetic particle technology where DNA binds to covered magnetic particles. The assignment of this thesis was given by Tyks Medical Genetics. Different starting materials used in the validation study are valuable in situations where blood sample does not represent patient’s own genome, for example with patients who have received an allogeneic stem cell transplant or if blood sample cannot be taken. Advantages of automated DNA extraction for the laboratory are quick and easy usability, reduced use and handling of hazardous chemicals, which promotes occupational safety and the omission of alcohol precipitation step that can cause DNA breakage.
The purpose of this thesis was to find out the usability of different types of tissue samples as DNA starting material when using QIAsymphony. A total of 100 saliva, buccal mucosal, hair and nail samples were collected from volunteer donors for the validation process. Before DNA extraction, work instructions were written, and they were left to the laboratory for use. The extraction of DNA was performed by using a protocol suitable for the material, and in addition, two different protocols were tested on saliva and buccal mucosal samples to evaluate which one is more usable. After DNA extraction, the concentration and purity of DNA were measured with QIAxpert spectrophotometer.
The study evaluated the adequacy of the quantity and quality of DNA for the requirements of the laboratory process and in the validation report it was identified that saliva and buccal mucosal samples as well as nail samples were usable as DNA starting materials for QIAsymphony. Urine samples were identified usable as a starting material for mitochondrial DNA analysis that requires a small amount of DNA. A validation report including the results was written for Tyks Medical Genetics.
Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli selvittää, miten erityyppiset kudosnäytteet ovat sovellettavissa DNA:n lähtömateriaalina, kun käytetään QIAsymphony-eristysautomaattia. Validointiprosessiin kerättiin yhteensä 100 kpl sylki-, posken limakalvon epiteelisolu-, hius-, ja kynsinäytteitä vapaaehtoisilta luovuttajilta. Ennen eristystä kirjoitettiin työohjeet, jotka jäivät laboratorion käyttöön. DNA-eristys suoritettiin käyttämällä kudosmateriaalille sopivaa protokollaa, lisäksi testattiin kahta eri protokollaa sylki- ja posken limakalvonäytteille ja arvioitiin, kumpi niistä on käyttökelpoisempi. DNA-eristyksen jälkeen mitattiin DNA:n konsentraatio ja puhtaus QIAxpert-spektrofotometrilla.
Tutkimuksessa arvioitiin DNA:n määrän ja laadun riittävyyttä laboratorioprosessin vaatimuksiin ja validointiraportissa todettiin QIAsymphony-automaatille käyttökelpoisiksi DNA:n lähtömateriaaleiksi sylki- ja poskenlimakalvon epiteelisolunäytteet sekä kynsinäytteet. Virtsanäytteiden todettiin soveltuvan lähtömateriaaliksi mitokondrio-DNA:n tutkimuksissa, joihin tarvitaan pieni määrä nukleiinihappoja. Tuloksista kirjoitettiin validointiraportti Lääketieteellisen genetiikan laboratoriolle.
The purpose of this thesis was to find out the usability of different types of tissue samples as DNA starting material when using QIAsymphony. A total of 100 saliva, buccal mucosal, hair and nail samples were collected from volunteer donors for the validation process. Before DNA extraction, work instructions were written, and they were left to the laboratory for use. The extraction of DNA was performed by using a protocol suitable for the material, and in addition, two different protocols were tested on saliva and buccal mucosal samples to evaluate which one is more usable. After DNA extraction, the concentration and purity of DNA were measured with QIAxpert spectrophotometer.
The study evaluated the adequacy of the quantity and quality of DNA for the requirements of the laboratory process and in the validation report it was identified that saliva and buccal mucosal samples as well as nail samples were usable as DNA starting materials for QIAsymphony. Urine samples were identified usable as a starting material for mitochondrial DNA analysis that requires a small amount of DNA. A validation report including the results was written for Tyks Medical Genetics.