Molekulaarisen POC-testin käyttöönotto influenssan, RSV:n ja streptokokki A:n diagnostiikkaan
Koivistoinen, Esa (2020)
2020
All rights reserved. This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2020052814988
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2020052814988
Tiivistelmä
Opinnäytetön tarkoituksena on verifioida Rochen Cobas Liat -laitteella käytössä olevat Influenssa A/B ja RSV-, sekä Strep A -testit HUSLAB:n kliinisen mikrobiologian linjalle. Cobas Liat on pikatesti, joka hyödyntää polymeraasiketjureaktio menetelmää influenssa A:n ja B:n, RSV:n, ja A-streptokokin diagnostiikassa. Verifioinnin yhteydessä myös arvioitiin laitteen toimivuutta muissa HUSLAB:n laboratorioissa kuin Meilahden keskuslaboratorioissa. Laitteen avulla voidaan nopeuttaa diagnostiikkaa ja välttää turhia antibioottihoitoja, sekä mahdollisesti vähentää keskuslaboratorion näytemäärää.
Cobas Liat hyödyntää Polymeraasiketjureaktio (PCR) menetelmää, jonka avulla voidaan monistaa DNA:ta. Menetelmä pohjautuu lämpötilavaihteluun. Lämpötilaa nostetaan, jonka avulla näytteessä olevat DNA juosteet avautuvat. Tämän jälkeen näytteeseen lisätyt alukkeet voivat kiinnittyä DNA:n 3’ päihin, jonka jälkeen polymeraasientsyymin avulla DNA juosteelle muodostuu komplementaarisen juosteen. Lopputuloksena on kaksi identtistä DNA jaksoa. Tätä reaktiota toistetaan, kunnes tutkittavaa tuotetta on saatu tarpeeksi.
Verifiointi suoritettiin Tullinpuomin virologian nukleiinihappotutkimusten laboratoriossa. Työtä varten käytettiin HUSLAB:n pakkasessa säilytettyjä vanhoja potilasnäytteitä, joista oli jo testattu niiden influenssa A- tai B- tai RS-virus positiivisuus. Streptokokin kohdalla näytteet olivat Lohjan sairaalassa otettuja nielunäytteitä, jotka oli ensin tutkittu Abbot ID now -nukleiinihaponosoitustestillä ja tämän jälkeen toimitettu keskuslaboratorioon viljeltäväksi. Näytteitä ajettiin yhteensä 118. Ajon jälkeen saatuja tuloksia verrattiin aikaisempiin referenssitesteihin, joka oli virusten kohdalla GeneXpert ja A-streptokokin kohdalla viljelytulos ja Lohjan nukleiinihappotesti.
Influenssa A/B ja RSV-, sekä Streptokokki A kiteille laskettiin herkkyys ja tarkkuus. Influenssa A:n ja RSV:n herkkyys ja tarkkuus olivat molemmat 100 % ja Influenssa B:n herkkyys 88.9 % ja tarkkuus 100 %. Streptokokki A:n herkkyys oli 100 % viljelyyn ja nukleiinihappotestiin verrattuna, kun taas tarkkuus oli viljelyyn verrattuna 73.7 % ja nukleiinihappotestiin verrattuna 78 %. Tulosten ja laitteen käytettävyyden perusteella influenssa/RSV-testi vaikuttaa lupaavalta ja sen verifiointia HUSLAB:n tarpeisiin kannattaa jatkaa.
Cobas Liat hyödyntää Polymeraasiketjureaktio (PCR) menetelmää, jonka avulla voidaan monistaa DNA:ta. Menetelmä pohjautuu lämpötilavaihteluun. Lämpötilaa nostetaan, jonka avulla näytteessä olevat DNA juosteet avautuvat. Tämän jälkeen näytteeseen lisätyt alukkeet voivat kiinnittyä DNA:n 3’ päihin, jonka jälkeen polymeraasientsyymin avulla DNA juosteelle muodostuu komplementaarisen juosteen. Lopputuloksena on kaksi identtistä DNA jaksoa. Tätä reaktiota toistetaan, kunnes tutkittavaa tuotetta on saatu tarpeeksi.
Verifiointi suoritettiin Tullinpuomin virologian nukleiinihappotutkimusten laboratoriossa. Työtä varten käytettiin HUSLAB:n pakkasessa säilytettyjä vanhoja potilasnäytteitä, joista oli jo testattu niiden influenssa A- tai B- tai RS-virus positiivisuus. Streptokokin kohdalla näytteet olivat Lohjan sairaalassa otettuja nielunäytteitä, jotka oli ensin tutkittu Abbot ID now -nukleiinihaponosoitustestillä ja tämän jälkeen toimitettu keskuslaboratorioon viljeltäväksi. Näytteitä ajettiin yhteensä 118. Ajon jälkeen saatuja tuloksia verrattiin aikaisempiin referenssitesteihin, joka oli virusten kohdalla GeneXpert ja A-streptokokin kohdalla viljelytulos ja Lohjan nukleiinihappotesti.
Influenssa A/B ja RSV-, sekä Streptokokki A kiteille laskettiin herkkyys ja tarkkuus. Influenssa A:n ja RSV:n herkkyys ja tarkkuus olivat molemmat 100 % ja Influenssa B:n herkkyys 88.9 % ja tarkkuus 100 %. Streptokokki A:n herkkyys oli 100 % viljelyyn ja nukleiinihappotestiin verrattuna, kun taas tarkkuus oli viljelyyn verrattuna 73.7 % ja nukleiinihappotestiin verrattuna 78 %. Tulosten ja laitteen käytettävyyden perusteella influenssa/RSV-testi vaikuttaa lupaavalta ja sen verifiointia HUSLAB:n tarpeisiin kannattaa jatkaa.