DNA:n toistojaksojen määrittäminen ja yksilöntunnistus PCR:n avulla : työohjeen testaus
Tuovinen, Tarja (2010)
Tampereen ammattikorkeakoulu
2010
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2010060111086
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2010060111086
Tiivistelmä
Kehittämistehtävän tarkoituksena oli testata olemassa olevan työohjeen (Use PCR and Single Hair to Produce a “DNA Fingerprint”) toimivuutta. Tavoitteena oli muokata ohjeesta toimivampi työohje, jota Tampereen ammattikorkeakoulun opiskelijat voisivat käyttää laboratorioharjoitustöissään.
Eukaryoottien DNA:sta vain pieni osa sisältää proteiineja ja RNA:ta koodaavia geenejä. Muu osa on ei-koodaavaa aluetta, josta suurin osa sisältää erilaisia DNA:n toistojaksoja. Näissä toistojaksoissa esiintyy runsaasti periytyvää muuntelua yksilöiden välillä, mitä käytetään hyväksi DNA:han perustuvassa yksilöntunnistuksessa esimerkiksi rikostutkinnassa. Niin sanotut VNTR (variable number of tandem repeats) -toistojaksot sisältävät runsaasti tällaisia toistojaksoja. Työssä määritettiin kahden VNTR-lokuksen, APOC2:n ja D1S80:n, toistojaksoja. Materiaalina käytettiin hiusten juuria, joista eristettiin DNA:ta ja monistettiin siitä DNA:n toistojaksoja PCR:n avulla. Monistustuotteet ajettiin agaroosigeelille, jonka avulla määritettiin niiden koko.
D1S80-lokuksen osalta työ onnistui hyvin alkuperäisellä työohjeella tehtynä. Tuloksena saatiin agaroosigeelille kaksi erikokoista DNA:n monistunutta jaksoa, jotka olivat peräisin kahdesta erilaisesta alleelista. Jaksojen koot ja kopiomäärät vastasivat yleisiä VNTR-jaksojen kokoja ja kopiomääriä. APOC2:n osalta tulokset olivat epäselviä, ja APOC2:n PCR-reaktiolle tehtiinkin optimointia magnesiumin pitoisuudelle. Magnesium-pitoisuudella 2,0 mM, joka oli suurempi kuin alkuperäinen pitoisuus, saatiin parhaat tulokset. Tällöin geelillä oli nähtävissä kahden eri alleelin monistustuotteet, mutta näiden lisäksi näkyi geelillä muutamia epäselviä vyöhykkeitä.
D1S80-lokuksen osalta työohje oli käyttökelpoinen ilman suurempia muutoksia. Sen sijaan APOC2-lokuksen osalta PCR vaatisi magnesium-pitoisuuden lisäksi muidenkin reaktioon osallistuvien tekijöiden optimointia, jotta tuloksista saataisiin paremmin tulkittavia.
Eukaryoottien DNA:sta vain pieni osa sisältää proteiineja ja RNA:ta koodaavia geenejä. Muu osa on ei-koodaavaa aluetta, josta suurin osa sisältää erilaisia DNA:n toistojaksoja. Näissä toistojaksoissa esiintyy runsaasti periytyvää muuntelua yksilöiden välillä, mitä käytetään hyväksi DNA:han perustuvassa yksilöntunnistuksessa esimerkiksi rikostutkinnassa. Niin sanotut VNTR (variable number of tandem repeats) -toistojaksot sisältävät runsaasti tällaisia toistojaksoja. Työssä määritettiin kahden VNTR-lokuksen, APOC2:n ja D1S80:n, toistojaksoja. Materiaalina käytettiin hiusten juuria, joista eristettiin DNA:ta ja monistettiin siitä DNA:n toistojaksoja PCR:n avulla. Monistustuotteet ajettiin agaroosigeelille, jonka avulla määritettiin niiden koko.
D1S80-lokuksen osalta työ onnistui hyvin alkuperäisellä työohjeella tehtynä. Tuloksena saatiin agaroosigeelille kaksi erikokoista DNA:n monistunutta jaksoa, jotka olivat peräisin kahdesta erilaisesta alleelista. Jaksojen koot ja kopiomäärät vastasivat yleisiä VNTR-jaksojen kokoja ja kopiomääriä. APOC2:n osalta tulokset olivat epäselviä, ja APOC2:n PCR-reaktiolle tehtiinkin optimointia magnesiumin pitoisuudelle. Magnesium-pitoisuudella 2,0 mM, joka oli suurempi kuin alkuperäinen pitoisuus, saatiin parhaat tulokset. Tällöin geelillä oli nähtävissä kahden eri alleelin monistustuotteet, mutta näiden lisäksi näkyi geelillä muutamia epäselviä vyöhykkeitä.
D1S80-lokuksen osalta työohje oli käyttökelpoinen ilman suurempia muutoksia. Sen sijaan APOC2-lokuksen osalta PCR vaatisi magnesium-pitoisuuden lisäksi muidenkin reaktioon osallistuvien tekijöiden optimointia, jotta tuloksista saataisiin paremmin tulkittavia.