2,4,6-trikloorifenolilla kontaminoitujen maiden mikrobiston analysointi PCR-DGGE-menetelmällä
Selin, Maiju (2010)
Selin, Maiju
Lahden ammattikorkeakoulu
2010
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201005027401
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201005027401
Tiivistelmä
Suomessa vanhojen sahojen maaperät ovat pääsääntöisesti kloorifenoleiden ja niiden epäpuhtauksien saastuttamia. Kloorifenolit päätyivät maaperään 1930–1980-luvuilla käytetyn KY-5-nimisen sahatavarassa home- ja sinistäjäsienten aiheuttamia värivikoja estävän puunsuoja-aineen käytön seurauksena. Pilaantuneen maaperän kunnostuksessa on tavallisesti käytetty massanvaihtoa, mutta kloorifenolit hajoavat myös biologisesti useiden eri mekanismien kautta.
Opinnäytetyön tarkoituksena oli vertailla kolmen eri maatyypin, humus-, turve- ja kivennäismaiden, bakteeridiversiteettiä sekä 2,4,6-trikloorifenolin (2,4,6-TCP) lisäyksen vaikutuksia siihen PCR-DGGE-menetelmän avulla. Kaksois-PCR:n (nestedPCR) ensimmäisessä vaiheessa käytettiin Pseudomonas-kantoja valikoivia alukkeita ja toisessa vaiheessa universaaleita alukkeita. Bakteeridiversiteettiä arvioitiin vertailemalla sekä DGGE-geeliltä leikattuja ja sekvensoituja DNA-fragmentteja että DGGE-geelikuvioita.
Tulosten perusteella viljelemättömät alfaproteobakteerit olivat selvä enemmistö kaikissa maatyypeissä ja niitä löytyi kaikista käsittelyistä koko koejärjestelyn ajan. Tutkimuksen kohteena olleita Pseudomonas-lajeja identifioitiin eniten 2,4,6-TCP:llä käsitellyistä kivennäismaasta ja toiseksi eniten kivennäismaan kontrollista. Bakteeridiversiteetiltään kivennäismaa poikkesi selvästi humus- ja turvemaista, jotka taas keskenään olivat hyvin samanlaisia. Kaikissa maissa diversiteetti oli suurimmillaan viikkojen nolla ja neljä aikapisteissä ja väheni selvästi viikkoon kaksitoista mennessä.
2,4,6-TCP:n lisäyksellä ei ollut selvää vaikutusta maiden bakteeridiversiteettiin, sillä kontrollikokeet eivät poikenneet 2,4,6-TCP:llä käsitellyistä kokeista. Osa bakteerilajeista kuitenkin selvästi lisääntyi koejärjestelyn aikana, joten ne pystyivät sietämään ja mahdollisesti myös hyötymään kloorifenoliyhdisteen läsnäolosta.
Opinnäytetyön tarkoituksena oli vertailla kolmen eri maatyypin, humus-, turve- ja kivennäismaiden, bakteeridiversiteettiä sekä 2,4,6-trikloorifenolin (2,4,6-TCP) lisäyksen vaikutuksia siihen PCR-DGGE-menetelmän avulla. Kaksois-PCR:n (nestedPCR) ensimmäisessä vaiheessa käytettiin Pseudomonas-kantoja valikoivia alukkeita ja toisessa vaiheessa universaaleita alukkeita. Bakteeridiversiteettiä arvioitiin vertailemalla sekä DGGE-geeliltä leikattuja ja sekvensoituja DNA-fragmentteja että DGGE-geelikuvioita.
Tulosten perusteella viljelemättömät alfaproteobakteerit olivat selvä enemmistö kaikissa maatyypeissä ja niitä löytyi kaikista käsittelyistä koko koejärjestelyn ajan. Tutkimuksen kohteena olleita Pseudomonas-lajeja identifioitiin eniten 2,4,6-TCP:llä käsitellyistä kivennäismaasta ja toiseksi eniten kivennäismaan kontrollista. Bakteeridiversiteetiltään kivennäismaa poikkesi selvästi humus- ja turvemaista, jotka taas keskenään olivat hyvin samanlaisia. Kaikissa maissa diversiteetti oli suurimmillaan viikkojen nolla ja neljä aikapisteissä ja väheni selvästi viikkoon kaksitoista mennessä.
2,4,6-TCP:n lisäyksellä ei ollut selvää vaikutusta maiden bakteeridiversiteettiin, sillä kontrollikokeet eivät poikenneet 2,4,6-TCP:llä käsitellyistä kokeista. Osa bakteerilajeista kuitenkin selvästi lisääntyi koejärjestelyn aikana, joten ne pystyivät sietämään ja mahdollisesti myös hyötymään kloorifenoliyhdisteen läsnäolosta.