Incontinentia pigmenti -menetelmävertailu : IP-MLPA-kitin soveltuvuus genetiikan laboratorion käyttöön
Vilkkinen, Anna-Aurora (2017)
Vilkkinen, Anna-Aurora
Turun ammattikorkeakoulu
2017
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201703143261
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201703143261
Tiivistelmä
Incontinentia pigmenti on dominantisti periytyvä kromosomaalinen sairaus. Sairauden aiheuttaa toiminnaltaan vaillinainen X-kromosomissa sijaitseva IKBKG-geeni. Yleisin kromosomimuutos geenissä on 4-10 eksonien deleetio. IKBKG-geeni on tärkeässä osassa elimistön proteiinituotannossa. Incontinentia pigmenti on jo kohdussa letaali poikalapsille. Tyttölapset selviävät toisen terveen X-kromosomin toiminnalla. Incontinentia pigmentin taudinkuvaan kuuluu nelivaiheinen lapsuuden iho-oireilu. Harvinaisempia oireita ovat hampaiden ja hiusten kasvupoikkeamat.
Tämän opinnäytetyön tavoitteena oli selvittää, onko MLPA-menetelmä pitkän templaatin PCR-menetelmää parempi Incontinentia pigmentin diagnostisena työkaluna. Opinnäytetyö tehtiin Turun ylipistollisen keskussairaalan lääketieteellisen genetiikan laboratoriolle. Opinnäytetyön tarkoituksena on parantaa lääketieteellisen genetiikan laboratorion tekemää tutkimusta. Opinnäytetyön tekijä perustelee lähdekirjallisuuden ja menetelmävertailun avulla MLPA-menetelmän paremmuuden pitkän templaatin PCR- menetelmään nähden.
Tutkimus toteutettiin syksyllä 2016 lääketieteellisen genetiikan laboratorion tiloissa. Kuusitoista valmiiksi eristettyä DNA-näytettä valittiin tutkimukseen tulostensa perusteella laboratorion näytevalikoimasta. Näytteet ovat vuosilta 2003– 2015, ja niille kaikille on tehty pitkän templaatin PCR Incontinentia pigmenti -tutkimuksena. Näytteille tehtiin MLPA-tutkimus, jonka tuloksia verrattiin edellisiin pitkän templaatin PCR-tutkimuksen tuloksiin. Tämän jälkeen valittiin kaksi MLPA näytettä, joille tehtiin pitkän templaatin PCR-tutkimus.
Tulokset kertovat, että MLPA-menetelmä on valtamutaation (4–10 deleetio) suhteen tarkempi kuin pitkän templaatin PCR. MLPA-menetelmä kärsii kuitenkin IKBKG-geenin pseudogeenistä joka aiheuttaa pahimmillaan vääriä positiivisia tuloksia. Pitkän templaatin PCR pystyy erottamaan IKBKG-geenin ja sen pseudogeenin toisistaan alukkeidensa avulla. Kaikille MLPA-positiivisille näytteille tulee tehdä pitkän templaatin PCR varmistuskokeena. Näiden tulosten perusteella lääketieteellisen genetiikan laboratorio jatkaa Incontinentia pigmenti -tutkimusta pitkän templaatin PCR:ää käyttäen.
Tämän opinnäytetyön tavoitteena oli selvittää, onko MLPA-menetelmä pitkän templaatin PCR-menetelmää parempi Incontinentia pigmentin diagnostisena työkaluna. Opinnäytetyö tehtiin Turun ylipistollisen keskussairaalan lääketieteellisen genetiikan laboratoriolle. Opinnäytetyön tarkoituksena on parantaa lääketieteellisen genetiikan laboratorion tekemää tutkimusta. Opinnäytetyön tekijä perustelee lähdekirjallisuuden ja menetelmävertailun avulla MLPA-menetelmän paremmuuden pitkän templaatin PCR- menetelmään nähden.
Tutkimus toteutettiin syksyllä 2016 lääketieteellisen genetiikan laboratorion tiloissa. Kuusitoista valmiiksi eristettyä DNA-näytettä valittiin tutkimukseen tulostensa perusteella laboratorion näytevalikoimasta. Näytteet ovat vuosilta 2003– 2015, ja niille kaikille on tehty pitkän templaatin PCR Incontinentia pigmenti -tutkimuksena. Näytteille tehtiin MLPA-tutkimus, jonka tuloksia verrattiin edellisiin pitkän templaatin PCR-tutkimuksen tuloksiin. Tämän jälkeen valittiin kaksi MLPA näytettä, joille tehtiin pitkän templaatin PCR-tutkimus.
Tulokset kertovat, että MLPA-menetelmä on valtamutaation (4–10 deleetio) suhteen tarkempi kuin pitkän templaatin PCR. MLPA-menetelmä kärsii kuitenkin IKBKG-geenin pseudogeenistä joka aiheuttaa pahimmillaan vääriä positiivisia tuloksia. Pitkän templaatin PCR pystyy erottamaan IKBKG-geenin ja sen pseudogeenin toisistaan alukkeidensa avulla. Kaikille MLPA-positiivisille näytteille tulee tehdä pitkän templaatin PCR varmistuskokeena. Näiden tulosten perusteella lääketieteellisen genetiikan laboratorio jatkaa Incontinentia pigmenti -tutkimusta pitkän templaatin PCR:ää käyttäen.