Akuutin gastroenteriitin aiheuttajavirusten tunnistaminen multiplex-PCR -menetelmällä
Saari, Hanna; Koskinen, Siru; Luoma, Linda (2016)
Saari, Hanna
Koskinen, Siru
Luoma, Linda
Tampereen ammattikorkeakoulu
2016
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2016120118661
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2016120118661
Tiivistelmä
TIIVISTELMÄ
Tampereen ammattikorkeakoulu
Bioanalyytikkokoulutus
KOSKINEN SIRU, LUOMA LINDA & SAARI HANNA:
Akuutin gastroenteriitin aiheuttajavirusten tunnistaminen multiplex-PCR -menetelmällä
Opinnäytetyö 64 sivua, joista liitteitä 3 sivua
Lokakuu 2016
Akuutti gastroenteriitti, eli oksenteluna ja ripulina ilmenevä suoliston limakalvon tulehdus, on merkittävä maailmanlaajuinen terveysongelma. Virusperäiset gastroenteriitit ovat erittäin tartuntavaarallisia ja niiden aiheuttamat varotoimet kuluttavat terveydenhuollon resursseja, minkä vuoksi niiden mahdollisimman nopea diagnosoiminen potilailla on erityisen tärkeää.
Opinnäytetyössä käsiteltävä multiplex-PCR -menetelmä mahdollistaa useiden eri virusten tunnistamisen samanaikaisesti yhdellä testillä. Tarkoituksena oli vertailla kolmea eri multiplex-PCR -tunnistusmenetelmää toisiinsa. Vertailussa tutkittavia viruksia olivat adeno-, astro-, noro-, sapo- ja rotavirus.
Opinnäytetyön tilaajana toimi Fimlab Laboratoriot Oy:n mikrobiologian yksikkö, jossa opinnäytetyön kokeellinen osuus suoritettiin 5.-9.10.2015. Opinnäytetyö oli kokeellinen, kvantitatiivinen ja vertaileva tutkimus, jonka tehtävänä oli vertailla multiplex-PCR -tunnistusmenetelmien toimintaa sekä soveltuvuutta laboratorion rutiinikäyttöön. Tavoitteena oli tuottaa Fimlab Laboratoriot Oy:lle luotettavaa vertailutietoa, jonka pohjalta valita molekyylibiologian yksikön käyttöön parhaiten sopiva menetelmä.
Tutkimuksessa olivat mukana R-Biopharmin RIDA®GENE Viral Stool Panel 1, Fast-Track Diagnosticsin FTD Viral gastroenteritis ja Seegenen Allplex™ Gastrointestinal Infection Full Panel tunnistusmenetelmät. Näistä käytettävyydeltään parhaiten Fimlab Laboratoriot Oy:lle sopi Seegenen Allplex™ GI-Virus Assay. RIDA®GENE Viral Stool Panel 1 puolestaan ei ollut validoitu Fimlab Laboratoriot Oy:n tämänhetkiselle laitteistolle, mikä näkyi poikkeavina tuloksina. Muuten menetelmissä ei ollut tulosten suhteen eroja.
Opinnäytetyön otoskoko osoittautui muiden kuin norovirusten kohdalla vähäiseksi, minkä vuoksi jatkotutkimuksia pitäisi tehdä suuremmalla näytemäärällä. Myös, mikäli Fimlab Laboratoriot Oy päätyy valitsemaan RIDA®GENE Viral Stool Panel 1 -menetelmän rutiinidiagnostiikkaansa, kyseinen menetelmä tulisi validoida ja koestaa uudelleen.
Tampereen ammattikorkeakoulu
Bioanalyytikkokoulutus
KOSKINEN SIRU, LUOMA LINDA & SAARI HANNA:
Akuutin gastroenteriitin aiheuttajavirusten tunnistaminen multiplex-PCR -menetelmällä
Opinnäytetyö 64 sivua, joista liitteitä 3 sivua
Lokakuu 2016
Akuutti gastroenteriitti, eli oksenteluna ja ripulina ilmenevä suoliston limakalvon tulehdus, on merkittävä maailmanlaajuinen terveysongelma. Virusperäiset gastroenteriitit ovat erittäin tartuntavaarallisia ja niiden aiheuttamat varotoimet kuluttavat terveydenhuollon resursseja, minkä vuoksi niiden mahdollisimman nopea diagnosoiminen potilailla on erityisen tärkeää.
Opinnäytetyössä käsiteltävä multiplex-PCR -menetelmä mahdollistaa useiden eri virusten tunnistamisen samanaikaisesti yhdellä testillä. Tarkoituksena oli vertailla kolmea eri multiplex-PCR -tunnistusmenetelmää toisiinsa. Vertailussa tutkittavia viruksia olivat adeno-, astro-, noro-, sapo- ja rotavirus.
Opinnäytetyön tilaajana toimi Fimlab Laboratoriot Oy:n mikrobiologian yksikkö, jossa opinnäytetyön kokeellinen osuus suoritettiin 5.-9.10.2015. Opinnäytetyö oli kokeellinen, kvantitatiivinen ja vertaileva tutkimus, jonka tehtävänä oli vertailla multiplex-PCR -tunnistusmenetelmien toimintaa sekä soveltuvuutta laboratorion rutiinikäyttöön. Tavoitteena oli tuottaa Fimlab Laboratoriot Oy:lle luotettavaa vertailutietoa, jonka pohjalta valita molekyylibiologian yksikön käyttöön parhaiten sopiva menetelmä.
Tutkimuksessa olivat mukana R-Biopharmin RIDA®GENE Viral Stool Panel 1, Fast-Track Diagnosticsin FTD Viral gastroenteritis ja Seegenen Allplex™ Gastrointestinal Infection Full Panel tunnistusmenetelmät. Näistä käytettävyydeltään parhaiten Fimlab Laboratoriot Oy:lle sopi Seegenen Allplex™ GI-Virus Assay. RIDA®GENE Viral Stool Panel 1 puolestaan ei ollut validoitu Fimlab Laboratoriot Oy:n tämänhetkiselle laitteistolle, mikä näkyi poikkeavina tuloksina. Muuten menetelmissä ei ollut tulosten suhteen eroja.
Opinnäytetyön otoskoko osoittautui muiden kuin norovirusten kohdalla vähäiseksi, minkä vuoksi jatkotutkimuksia pitäisi tehdä suuremmalla näytemäärällä. Myös, mikäli Fimlab Laboratoriot Oy päätyy valitsemaan RIDA®GENE Viral Stool Panel 1 -menetelmän rutiinidiagnostiikkaansa, kyseinen menetelmä tulisi validoida ja koestaa uudelleen.